幻影の覇者ゾロアーク

水と緑、古い街並みと近代的な建物が美しく調和するクラウンシティ。 この地で開催される「ポケモンバッカー・ワールドカップ」を観戦するため、サトシとピカチュウ一行はクラウンシティに向かっていた。

旅の途中、何にでも化けることができる不思議なポケモン、ゾロアに出会う。 ゾロアはテレパシーで人間としゃべることができるという。

仲間を探しているゾロアを助け、 いっしょにクラウンシティに向かうサトシたち。 クラウンシティはセレビィがやってくる街としても知られていた。

そのころ、クラウンシティでは、奇妙な事件が起こっていた。 街の守り神とされる伝説のポケモン、ライコウ、エンテイ、スイクンが街を破壊していたのだ。 その様子を不敵な笑みを浮かべ見守る男がいた。 彼こそが、事件を起こしている人物、巨大企業コーダイネットワーク社長のグリングス・コーダイ。

コーダイは、幻影をみせるポケモン、ゾロアークを操り、ライコウ・エンテイ・スイクンに化けさせ、街を襲わせていたのだ。 そして、このゾロアークが、ゾロアがさがしていた仲間なのだ。

未来を知る男と言われるコーダイが 邪悪な野望のため、セレビィを襲う！

セレビィが持つ、秘密の力とは一体何か？ クラウンシティの運命は？ ゾロアークは、敵なのか、味方なのか！？

ポケモン映画史上最大の、化かし合いが今、始まる。