山岳地帯を訪れたサトシたちは、空に輝く不思議なオーロラを目撃する。しかしそれと同時に、ピカチュウや周囲の野生ポケモンに異変が起き、なんとモンスターボールが使用不可能になってしまた！ 　そこに現れたのは、この異常事態を調査、解決するミッションを受けたポケモンレンジャーのヒナタだった。だがその時、突然上空の空間が歪み、謎のポケモン デオキシスが出現した！ 頼みの綱は、唯一作動するヒナタのキャプチャ･スタイラーのみ！ サトシたちの運命はいかに！？