「全ての願いを叶える」旋律の力を使った陰謀を阻止したミサキと清十郎、そして麻人。そのまま清十郎はファネス音楽学院に残り、ちょっといびつながらも平和な生活が続くかのようにみえた。そんな時、飛び込んできた学校封鎖の知らせ。学院は国の手に渡り、ミサキたち生徒は退去しなければいけなくなったのだ。納得のいかないミサキたちは抵抗するけれど、その裏では国を超えたさらなる権力が動いていた……。そして暴走を始めるミサキの旋律。清十郎に課せられた最後の任務――「犬吠ミサキを、抹殺せよ」――。ミサキと清十郎の間に結ばれた絆が今、再びほどかれていく！